原於每年三月一日開打的日本腦炎疫苗，今年因為延遲供貨問題，各縣市統一延至三月廿一日開打。台大小兒感染科主任黃立民說，日本腦炎兒童病例每年不到十例，且其疫苗保護力可長達廿五到卅年，「有打最重要，延後幾天接重影響不大。」
根據常規疫苗接種時程，新生兒應於出生滿十五個月接種第一劑日本腦炎疫苗，隔兩周接種第二劑，隔年接種第三劑，小一補種第四劑。疾管局副局長施文儀表示，日本腦炎六、七月是流行期，因此常規接種每年固定集中在三到五月，幼兒只要在流行期前完成接種，就能發揮相當保護力。
據瞭解，日本腦炎納入常規疫苗接種 ，疾管局已連續卅年向國光生技採購日本腦炎疫苗，今年預訂也將向國光購買六、七十萬劑疫苗，但雙方目前尚未完成正式簽約。至於今年疫苗供應延遲的原因，施文儀說主要是疫苗廠國光生技生產線調度上。國光生技業務處副總經理高聖凱說，該公司生產的日本腦炎疫苗目前尚未完成藥證單位檢驗封籤程序，所以尚未與疾管局簽約，「若是政府急於開打，也可考慮改向其他藥廠採購疫苗。」
日本腦炎病毒最主要的宿主是豬隻，主要經病媒蚊三斑家蚊及環紋家蚊叮咬被感染的豬，再傳染給人，不會人傳人。若居家或工作環境經常會接觸豬圈，或病媒蚊常聚集的水稻田，成人亦可考慮自費接種。
三至九歲以下孩童是日本腦炎最主要感染對象，致死率約六．六％。家中若有年滿十五個月以上，且日本腦炎疫苗尚未接種完成的幼兒（九十七年一月一日至九十八年十二月卅一日出生者)，家長應帶幼兒健康手冊與健保卡至轄區衛生所或合約醫療院所施打。