胃食道逆流是現代文明病，治療大多從中和已產生的胃酸或從源頭抑制胃酸分泌下手。台大醫院內科教授林肇堂表示，目前治療胃食道逆流最好的藥物是質子幫浦抑制劑，雖有副作用，但服藥時間多半不常，病人仍應接受治療。
質子幫浦抑制劑可抑制胃酸、改善胃潰瘍、胃食道逆流，但有些病人擔心長 期服用會有副作用。研究顯示，只要慎選藥物，長期服用是安全的。日前馬來西亞消化道疾病會議最新研究顯示，142名德國病患服用質子幫浦抑制劑成分 (pantoprazole)15年，在胃鏡檢查、血清胃泌素、胃黏膜細胞定量分析等檢驗中，病人都沒有慢性萎縮性胃炎等胃癌前兆跡象。
另一個研究以160名服用抗血栓藥的心血管病患為對象，分別服用4種成分的質子幫浦抑制劑，其中兩種成分(lansoprazole, dexlansoprazole) 對藥物干擾最少，僅各別降低7.2%及0.2%的抗血栓藥效，另兩種成分干擾則約2成。
美國曾發布警訊提醒醫界注意質子幫浦抑制劑干擾抗血栓藥效，維吉尼亞大學肝膽胃腸科教授普拉(David A. Peura)指出，後來發現，同樣是質子幫浦抑制劑，成分仍有差異，慎選特定成分，可確保併用藥物發揮抗血栓、保護胃壁的作用。德國漢諾威大學肝膽胃腸科 教授布倫納(Gorig Brunner)強調，質子幫浦抑制劑是安全藥物，但患者仍須定期追蹤。
菲律賓聖塔湯瑪斯醫院醫師吳義勤(Dennis C. Ngo)說明，胃食道逆流與壓力、肥胖和飲酒有關，約2.5%到4.8%的亞洲人，每周受胃食道逆流造成的胸口灼熱、胃痛、潰瘍等不適影響，罹病人口有逐漸增加的趨勢。
林肇堂指出，目前沒有證據顯示質子幫浦抑制劑會增加胃癌風險，長期使用可能會有骨鬆或肺炎的顧慮，但東方人胃食道逆流的情況沒有西方人嚴重，使用藥物治療，短則幾個月、多則幾年，多半可達很好的效果，呼籲病人仍應積極治療。