孕婦施打流感疫苗，不僅能保護自己，出生胎兒還可獲得抗體保護。台大醫院與國內生技公司合作的臨床試驗發現，孕婦接種流感疫苗，除了保護自己，還能將抗體經胎盤傳給胎兒，讓嬰兒同時免於流感威脅。
對此衛生署疾管局副局長周志浩表示，站在政府立場，也鼓勵孕婦施打流感疫苗，美國也建議孕婦不分孕程都應接種疫苗，且流感疫苗能透過胎盤將抗體傳給胎兒；但因孕婦不在現行公費流感接種對象之列，若有需求須自費接種。
台大醫院從2011年至2012年共針對40位、懷孕3個月以上的孕婦接種包含兩株A型流感病毒株及一株B型流感病毒株的流感疫苗，平均約在懷孕6、7個月施打，並持續追蹤後續副作用反應至小孩出生8周。
研究透過檢驗母親生產時臍帶血中的抗體，發現血清保護力可達到7成以上，符合國際標準，但B型流感的保護力較差；以常規來說，孩子出生後，從媽媽胎盤接受的抗體約可維持6個月的保護力。
由於目前6個月以下嬰兒仍無法施打流感疫苗，若胎兒能順利獲得抗體，更能彌補無法施打流感疫苗的「空窗期」。研究追蹤出生8周的胎兒，也無輕微發燒、發疹等副作用。
兒科醫學會秘書長李秉穎也指出，根據美國研究，孕婦施打流感疫苗不會增加死產及流產機率，孕婦打疫苗其實很安全，但為防止感染流感，呼籲家中若有孕婦，家屬也應該施打流感疫苗，降低流感威脅。
周產期醫學會前理事長、高雄長庚婦產部副部長許德耀也表示，若流感開始流行，也建議孕婦施打流感疫苗，但考量懷孕初期前3個月仍不穩定，建議孕婦最好等懷孕3個月後，再接種流感疫苗。