菊花茶對明目、降肝火有一定的效果，清香的味道也有提神作用，是許多考生、上班族喜愛的茶飲。由於最近傳出乾燥菊花殘留農藥事件，讓民眾想喝卻又擔心健康受影響，因次衛生單位提醒民眾，沖泡菊花茶的時候倒掉第1泡，以降低農藥殘留風險。
根據《本草綱目》中對菊花茶藥效的記載有：性甘、味寒，具有散風熱、平肝明目之功效。在中醫師眼中，降低肝臟熱最有效的就是菊花，菊花對於因為高血壓所引起的視力減退也有功效。因此眼睛容易疲勞，看小字不清楚的，一定要喝菊花茶；考生如果想增進讀書效果，與其喝濃茶、咖啡提神，不如改喝菊花茶，也不會影響睡眠。而新加坡也有學者發表菊花茶具有抗癌功能，一時之間菊花茶飲成為最夯的保健飲料。
台東縣衛生局長呂喬洋就是菊花茶飲的愛好者，平日保護喉嚨全靠菊花茶。
不過，在台東杭菊被檢驗出殘留農藥後，台東縣衛生局也要籲請消費者購買食用菊花時，必須注意產品外包裝標示，需有品名、產地、製造來源、廠商、地址、電話等，台東縣衛生局長呂喬洋說，沖泡時將第一、二泡的茶水倒棄，以降低農藥殘留食用風險。
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