墨西哥目前除設法防堵Ｈ１Ｎ１新型流感疫情持續擴大外，更全力動員要找出病源，期能早日發現關連性，以利後續因應。
據外電報導，墨國當局發現，這次流感的最初源頭，可能是籍設韋拉克魯斯州（Veracruz）的四歲男童艾德加‧赫南德茲（Edgar Hernandez），他在今年四月二日感染新流感，病毒疑來自附近一家髒亂不堪的大型養豬場。赫南德茲住在佩羅特市（Perote）的拉哥羅利亞村（La Gloria），四月二日他與同村一些人都感冒了，當時染病者均被採取檢體，但後來只有他的檢體保存下來。而赫南德茲經治療後已痊癒。
上周末新流感疫情在墨西哥爆發後，赫南德茲的檢體被拿出來重驗，赫然發現致使他感冒的病毒株竟與新流感相同。拉哥羅利亞的村民將矛頭指向附近一家美墨合資經營，一年飼養一百萬頭豬的「格蘭哈斯卡洛」（Granjas Carroll）養豬場。
村民說，今年二月起就有人感染與新流感相同症狀的病症，三月間他們抱怨養豬場汙染水源，有人有呼吸道感染問題。村民說，養豬場環境骯髒不堪，臭氣熏天，蒼蠅在該場上空飛舞，形成「雲團」奇觀。
四月初，該村三千村民一半以上都病了，還有三名兩歲以下幼兒死亡，村民隨後向養豬場抗議，但當時卻被告知只是罹患一般流感而已。養豬場廿七日則發表聲明說，該場員工無人出現新型流感症狀，染病村民也無人接觸該場豬隻，該場只是該地區眾多養豬場之一而已。
聯合國「糧食與農業組織」則表示，將派一組專家到墨國養豬場調查，該組織首席獸醫約瑟夫‧多敏尼克說：「他們將判斷新流感病毒株是否在豬隻間傳染，再追蹤與人類的關係及傳染途徑」。
有另一種說法是新流感病灶疑源自美國，一名在美國工作的墨國人回國後，將病毒先傳給他太太，再輾轉傳給社區的其他婦女，但此說未獲證實。
當局現在比較擔心的是，感染新型流感死亡的第一個確定病例是家住瓦哈卡州（Oaxaca），從事人口普查家訪的卅九歲婦女瑪莉亞‧古提耶瑞茲（Maria Adela Gutierrez），她發病後，在病毒傳染力最強時仍在工作，並與許多人面對面接觸，當地媒體報導有廿人被她傳染，連她丈夫與子女都不能倖免，但地方衛生官員已否認該報導的說法。