為全面防堵Ｈ１Ｎ１新型流感入侵，我政府自今（廿九）日起實施登機檢疫，在國境大門的桃園國際機場上緊發條，其他包括金門「小三通」路徑、基隆和高雄兩大國際港，及小港國際機場等，即日起也都展開危機總動員，務求決戰於境外。
行政院長劉兆玄廿八日上午前往桃園國際機場，視察新型流感防疫措施，指示衛生署疾病管制局加強機場的防疫宣導及邊境管制，比照先進國家防治作為，將防疫工作提前到飛機上。疾管局副局長施文儀表示，預估第一班接受登機檢疫措施的首班入境航班為清晨五時十分抵達來自舊金山的ＢＲ０７班機。
過去三天邊境檢疫監視統計資料顯示，台灣往來美、加航班共有五十餘班，入境旅客總計約有一萬五千人，而機場發燒篩檢站檢出五名旅客有發燒症狀，其中一名為四歲兒童，目前均已排除感染Ｈ１Ｎ１新型流感。
行政院秘書長兼福建省政府主席薛香川廿八日跨海金門督軍，偕黃煌雄、葉耀鵬和劉興善三位監委巡察水頭碼頭，了解中央駐金單位包括衛生署疾管局和農委會動植物防疫檢疫局，在防疫最前線的作業現況。
在基隆港方面，郵輪頻頻泊靠，卅日又將有一艘極致輪將搭載一千兩百名陸客入境；大陸傳出有疑似病例，因此基隆港務局與疾管局第一分局繃緊神經，視情況，提高防疫措施。
疾管局在基隆港通關入境處，裝有攜帶型的紅外線監測入境旅客，只偵測到體溫異常旅客，立即會發出警示嗶嗶響聲，後送到指定醫院。
高雄港根據港區傳染性疾病的防制標準程序，國際輪船（包括遠洋漁船）在進港四至七十二小時前，船長或船務代理商即必須向疾管局申報檢疫，疾管局必須審查十項檢疫項目，合格者方可進港停泊，被懷疑有傳染疾病者，必須拋錨港外等候防疫醫師處理。
疾管局對國際船舶的檢疫審查項目，主要在了解船隻來之前最後停泊的港口為何、最近卅天內停靠過那些港口、何時抵達、船上人員、動物的數目（包括旅客）及健康情況，有死亡、生病、發燒者，必須詳述症狀及用葯，有傳染之虞必須在港外錨地拋錨等候防疫醫師登船檢查。
如發現傳染病，或發燒卅七度半以上者，立即通知防疫指揮官指揮做相關疾病控制。為防堵新流感於境外，疾管局及高雄港務局已嚴令船長、船務代理商落實疾病通報。前天起，已要求海巡安檢人員必須為船隻上的每名船員做體溫測量。國內雖無疫情，但同樣要求近海作業的漁船船員也要開始量體溫。
為防範新流感疫情可能境外移入，高雄小港國際機場自廿六日下午三時起，已於旅客入境動線的東西兩端加強警戒，疾管局增派紅外線體溫偵測儀作業人力，截至昨天為止，並未發現必需隔離檢查的旅客。