新流感疫情不斷擴散，教育部表示，學校仍應遵守「三二五」停課標準，一旦停課，可在假日或寒暑假補課。教育部也行文衛生署疾病管制局，一旦新流感疫苗問世，災區集中安置的學童優先施打，避免群聚感染。
因應開學後新流感疫情，教育部訂出「三二五」停課標準，同一班級「三」天內「二」名學生發生類流感狀況，該班停課「五」天。
教育部新流感應變小組執行祕書、體育司長王俊權說，只有在校時不舒服、送醫診斷有類流感，才列入計算，停課不是那麼容易。
學校一旦因新流感停課，未來要補課。教育部說，各縣市因全縣（市）國中小停課補課需要，可視實際狀況調整寒暑假起迄日期。高中職由學校自行決定何時補課，但要秉持「一個學分要上滿十八小時」原則。
此外，教育部統計，這次風災造成六名學生死亡、七十七名失聯，其中高雄縣小林國小四十九名學生失聯最多。教育部並擬定災區學生後續安置辦法。統計學校災損總金額高達二十五億九千萬元，其中大專三十一校、高中職六校、國中小二十六校受災狀況較嚴重。
教育部表示，絕大多數受災學校積極清理中，如期開學。南投縣阿里山鄉八校九校區及高雄縣那瑪夏鄉民生國小交通中斷，將請國防部支援，以直升機運送教師、教科書及物資，以便如期開學。
教育部長鄭瑞城指出，災區國中小學生就學安置秉持「家長子女同住」、「原地及就近就學優先」等原則。但那瑪夏鄉民生國小一七八名學童中，五十九人在山上原校就學、另一一九人到山下高雄縣鼓山國小就學，目前跟家人一起被安置在旗山鎮十三個地點。教育部研擬將他們集中安置在美濃高雄農場，派車載送上下學。