H1N1迅速蔓延，行政院長劉兆玄25日與防疫專家研商後，向馬英九總統建議暫時無須啟動國安機制。但總統府已決定在明（27）日邀請防疫專家討論防疫問題。總統府透露，該會議將提供府方研判召開國安會議的條件，「未來只要有必要，就會在第一時間召開」。
H1N1疫情升高，民進黨昨天建議馬政府應比照當年SARS期間的作法啟動國安機制。由於「國安機制」並非法律上的專有名詞，而是前總統陳水扁任內自創的詞彙，因此之前都只有召開國安會議的記錄，只有扁在位期間，有過三次啟動國安機制，一次在2001年911事件、一次在03年SARS、另一次則是在04年319槍擊案。
啟動國安機制後可以採取的動作也未有明確規定，按照前國安會秘書長邱義仁的說法，啟動國安機制後，不同狀況會有不同層級的應變措施。
在88水災後，馬英九太慢召開國安會議，且未能發揮啟動國安機制應有的功能，引發政治危機。此次面對H1N1疫情蔓延，外界再度要求啟動國安機制，劉揆昨天緊急邀集衛生署H1N1諮詢小組成員，衛生署長楊志良及防疫專家開會研商，會後立即向總統馬英九作出建議。
總統府發言人王郁琦表示，劉兆玄與防疫專家討論後認為，目前H1N1新型流感疫情還沒有召開國安會議的程度，馬英九總統已接受其建議，決定暫時不召開國安會議。
不過因疫情威脅不斷升高，總統府昨天除正式任命張上淳為行政院衛生署副署長。
總統府官員表示，馬英九總統對於H1N1的疫情發展非常關切，希望能了解未來疫情可能會有的變化，以及政府及府方需要配合的部分，因此週四召開的會議也將提供府方研判召開國安會議的條件。