開學後，校園新流感疫清立即升溫，全國中小學停課班級數驟增。為加強防疫，高雄縣長楊秋興表示，將串連高高屏衛生局，建議中央將「三二五」延長為「三二七」，即延長停課日數為七日。台北市也有同感，考慮與教育部討論是否放寬停課標準。
高雄縣衛生局長黃志中指出，新流感病患出現發燒症狀的前一天及發燒後算起七天內都有傳染力，若學生感染新流感，最保險作法是全班停課七天，度過病毒的傳染期。楊秋興同意這項看法，並作出上述指示。
北市方面，三日因流感新增停課的學校有十八校、十九班，停課學校及班級有爆增趨勢。教育局長吳清山表示，開學四天以來，北市累計已有卅一校、卅二班停課。衛生局長邱文祥表示，如果停課班級愈來愈多，將跟教育局與教育部商量是否放寬停課標準。
邱文祥說，在「三二五」停課標準中，有可能放寬「二」。就是把每班二名流感病例停課標準提升為三、四或五名學生，亦即「三三五」、「三四五」或「三五五」。
衛生署疾病管制局長郭旭崧回應，目前停課標準經過慎重且廣泛討論確定，已考慮到病毒擴散及潛伏期等相關問題，目前不考慮改變停課標準。
台大小兒感染科主任黃立民說，新流感的潛伏期約二至四天，發病七天傳染性已極低了。一般生病學生被確定診斷時，通常已過了兩、三天。
北市教育局昨日公布中山國小、陽明高中、信光幼稚園、士林高商、永安國小、西松高中、（王留）公國中、吳興國小、民權國中、私立再興中小學、溪口國小、志清國小、南港高工、胡適國小、康寧國小、士林國中、士林國小為昨日新增停課學校。但經查證永安、士林、吳興國小根本不符「三二五」停課標準，永安國小今日復課，士林、吳興國小暫不考慮復課。
北市教育局主任祕書林信耀表示，昨日大規模邀集學校作說明會，有學校校長還以為「三二五」是全校停課標準，其實是班級停課標準。
吳清山表示，「三二五」中央訂出的停課標準北市不宜自己更動，要改應由中央教育部及疾管局來處理。如果北市單獨改，但一水之隔的北縣不改，學校上課會很亂。