公費季節性流感疫苗開打近一周，至五日晚上為止，已有近五十萬人接種。但民眾可能不知，公費疫苗不是不用花錢，且民眾自付的費用各醫院「差很大」，以幼兒為例，從○元到近六百元都有。如果家中有二、三個小孩要接種疫苗，父母負擔很可觀，民眾若想省錢，貨比三家才不會吃虧。
疾管局規定，各合約醫療院所施打公費季節流感疫苗，健保只針對六十五歲以上老人及罕病患者補助每人一百元診察費。
此外，各縣市醫療院所仍可依《醫療機構收費標準》再向老人收取掛號、注射、藥事等林林總總費用。而老人及罕病患者之外的公費對象，例如兒童，因政府未補助診察費，可能還要再多付一筆錢。
以台大醫院為例，為幼兒接種公費季節流感疫苗，疫苗是政府出錢，但家長要自付掛號費一百元、注射費五十元、診察費三四七元、藥事費八十元，合計五七七元。
台大收四種費用 共五七七元
若是首度接種的幼兒，相隔四周須接種兩劑，到台大醫院打完二劑疫苗就得準備一一五四元。如果家中有二、三個小孩要接種疫苗，父母負擔很可觀。
令人不解的是，同樣是接種疫苗，非公費接種對象若到台大醫院自費接種季節流感疫苗，除了三一三元的疫苗費用、掛號費一百元、注射費五十元，診察費只須二八九元，比幼兒便宜五十八元，且不須付藥事費。
公立醫院尚且如此，部分私立醫院收費自然不遑多讓。據疾管局資料，新光醫院為幼兒打公費季節流感疫苗收掛號費一五○元、診察費三百元、注射費七十元，一針打下來要五二○元。
仰恩、中油診所 完全不收費
另外如新店耕莘醫院是對所有公費接種對象一視同仁，除收取一百元掛號費，還要收七十元處置費。
私人診所收費情況也很混亂。一名家住民生東路王姓家長反應，他帶三歲女兒去打公費疫苗，付了掛號費一五○元、診察費五○元。打完走出來發現，同一條路相隔不到一百號的另一家診所，掛號費相同，但免收診察費。雖然只是區區五十元之差，卻讓他感覺超不舒服。也有些診所，如北投的仰恩診所、中油員工診所等，為幼兒接種公費疫苗不收取任何費用，令家長「足感心」。