很多民眾以為真空包裝的食品比較衛生安全，殊不知若未徹底滅菌，「真空」包裝正好是肉毒桿菌孢子滋生的溫床，專家提醒，真空包裝食品也應冷藏保存，任何真空包裝食品和醃製品，一定要加熱煮沸後再吃。
疾管局分析二○○七到二○○九年間肉毒桿菌中毒確定病例的致病嫌疑食品出現次數，依序是：豆類十九次（發酵的豆類、豆腐乳、臭豆腐、真空包裝豆干、素料）、醃漬物（蔬菜、筍絲、螺肉）九次、麵類八次、花生七次，芥菜六次、香腸六次。
台北榮總毒物科楊振昌醫師指出，臨床上最常見的肉毒桿菌中毒食物都是在室溫下長時間保存的，例如自行醃製或發酵的微酸食物及罐頭食品，如火腿等肉類製品、起士醬、醃洋蔥、竹筍或筍乾、以鋁箔封裝的烤馬鈴薯、豆乾及豆腐等豆類製品、燻白魚等魚類製品等。
由於肉毒桿菌孢子在厭氧和低酸性環境中會產生毒素，真空包若未經完全滅菌處理，或製作包裝過程遭受孢子汙染，加上密閉或真空等缺氧保存環境時，很容易導致肉毒桿菌中毒。
楊振昌研判此次的中毒事件，如果真空包裝豆干有良好冷藏，醃製的蚵仔相對嫌疑可能更大，民眾要預防肉毒桿菌毒素中毒最重要的步驟，就是避免不當的自製食物，使用食物前最好加熱處理，別吃已變味或已膨脹的罐頭食品。