國內等候器官移植的病患眾多，衛生署決定，十月一日起實施器官分配新原則，未成年的心肝捐贈者，將優先分配給未成年病患，移植器官以疾病嚴重度考量為優先，讓重病垂死病患有及時救命的機會。
目前的器官分配是努力勸募的醫院比疾病嚴重度優先分配使用器官，但有時候醫院沒有適合移植的病患，導致辛苦勸募來的器官平白浪費掉，衛生署醫事處長石崇良表示，衛生署完成器官分配的修正順位，希望器官分配以「孩童優先」。
新修正的心臟移植分配原則，十八歲以下的心臟捐贈者優先分配給十八歲以下的等候者，疾病等級為最嚴重者，也提前一個順位，由原第三考量提前到第二考量，勸募醫院則從第二考量改為第三考量。
肝臟移植分配原則，新增第一考量為十二歲以下或十八歲以下且四十公斤以下捐贈者，優先分配給十八歲以下的等候者，讓十八歲以下的孩子優先換肝，疾病等級則排到第二考量。由於國內未成年人捐肝每年只有一、二例，這項新規定對兒童換肝順位影響不大，因為小病人多半是由親人活體捐肝，或屍體分割捐肝。
眼角膜移植方面，新增第一考量是二歲以下的捐贈者，優先分配給二歲以下的受贈者；未曾使用過本土眼角膜者順位提前，從第七考量提前到第六考量，已換過本土眼角膜的失明青壯年，未來必須把移植機會讓給未曾移植的六十五歲以上老人。
根據器官捐贈移植登錄中心統計，國內目前有六九七四人排隊等候器官移植，絕大多數在等候換腎，病人都是邊洗腎邊等換腎，另外有九七○人等候換肝，五一一人等候移植眼角膜，一一九人等候換心。
衛生署將定期公布各家醫院勸募器官、移植器官的成效，讓社會大眾了解哪些醫院勸募器官較積極，哪些醫院只是在坐享其成。