納入年底第六次江陳會議題之一的「兩岸醫藥衛生合作協議」大致底定，包含傳染病防治、醫藥品安全管理及研發、中藥材安全管理及中醫藥研究、緊急救治等4項議題，據了解，我方還將積極爭取推動兩岸新藥研發合作，促進台灣醫藥生技產業發展。
此外，陸委會主委賴幸媛昨（1）日強調，台灣方面堅持以「五不原則」作為此協議協商的基礎，即不涉及醫學人才培養、不開放大陸醫事人員來台考照、不開放大陸醫事人員來台執業、不開放陸資來台設立醫院、不開放大陸醫院健保給付。
陸委會昨偕同衛生署、經濟部等相關成員召開背景說明會。衛生署署長楊志良表示，大陸是世界上最大的藥品醫療器材市場，除了保護民眾健康權益外，此協議也將兼顧兩岸醫藥產業合作。
行政院官員表示，兩岸洽簽的醫療協議，台灣將爭取以美國食品暨藥物管理局(FDA)國際標準為醫藥品認證最大原則，並爭取新藥在臨床項目、審核流程大幅簡化，以降低生技產業資金投入風險，增加市場准入的便利性。
而在傳染病防治方面，由於兩岸人員往來每年超過500萬人次，透過此協議，雙方希望建立更透明而即時的通報機制，防止如SARS、H1N1新型流感等重大傳染病疫情擴大。
另外，在中藥材安全管理方面，據衛生署統計，66％台灣民眾經常性使用中藥，而台灣中藥材卻有90％從大陸進口，其藥材當中經常含有重金屬、殘餘農藥等，因此，此協議也將爭取加強中藥材品質源頭管理。
在緊急救治方面，雙方將建置緊急救治協處機制。衛生署醫事處處長石崇良表示，台灣旅客在大陸遭遇意外時，我方希望第一時間安排救治的醫院，將訊息立即傳回台灣並通報家屬，並促成病患轉送回台灣醫院接手救治。
而針對外界關心的「醫療觀光」議題，此次並未安排在協議當中。衛生署副署長蕭美玲表示，陸客現在已有一定比例在觀光行程中加入健檢行程，按照現行陸客來台規定辦理即可。據衛生署人員提供相關數據指出，今年1～8月，有逾3,000人次陸客安排觀光健檢行程。
至於五不原則，高層官員說，這是衛生署向來的主張，現並未進一步檢討鬆綁開放。