鮮奶中含有豐富的蛋白質(乳鐵蛋白、免疫球蛋白)、礦物質鈣及維生素B2、B12等營養素，其中維生素B2 (Riboflavin，核黃素) 耐熱、耐酸，且較不會在烹調過程中遭受破壞，但是怕光尤其是紫外線照射，所以鮮奶中的維生素B2應採用不透明紙盒包裝才是最正確的保存方式。鮮奶是人體獲得鈣質的最佳來源且易被吸收，但是其蛋白質在高溫加熱下會變性 (denature) 而失去原有之活性與功能，所以建議民眾在冬天飲用鮮奶時可以適度的加熱，但溫度不宜過高，最好不要超過60℃，一旦加熱煮沸到100℃，其營養價值也會大打折扣！
相對而言，傳統的烹調方式對食物中營養素之破壞都比微波加熱所帶來的營養流失要嚴重些。鮮奶微波加熱其加熱時間較短，所以彌補了傳統烹調方式較長時間、較高溫度對營養素所造成的破壞。此外，鮮奶經微波加熱後其中微生物的含量也會減少，並且提高了其儲存穩定性。
綜合上述，鮮奶微波加熱是OK的，並不會使其變質，但多少會流失一些營養素但比傳統加熱的方式來的少。因此建議民眾，冬天若想飲用溫熱的鮮奶，可以使用微波爐加熱或隔水加熱等方式，但加熱時間不宜過久且溫度不宜超過60℃，否則營養素會大大流失喔！